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1.

TruSeq DNA Methylation所使用的adapter序列與 TruSeq Single Index系統相同， bcl2fastq v2.2 guide在拆分過程中該軟體判斷adapter序列的嚴謹度(adapter stringency)定義如下：

The minimum match rate that triggers masking or trimming. This value is calculated as MatchCount / (MatchCount + MismatchCount). … The default value of 0.9 indicates that only reads with > 90% sequence identity with the adapter are trimmed.

(page. 14, bcl2fastq2-v2-20-software-guide)

由此研判，
25 mer 需有 23 mer 符合分析者給予的序列 (92%)
33 mer 需有 30 mer 符合分析者給予的序列 (90.9%)
才會被trim，兩者比例僅些微差異。

2.

起初由於TruSeq DNA Methylation的建議讀長較短( 2×75 or 2×100bp)，作為因應，提供的trimming序列亦較短；若使用較長的讀長如2×150或以上，亦可以使用33 mer；但整體而言，25 mer就可以達到trim adapter的效果。
Recommended read length: TruSeq DNA Methylation (illumina.com)